作为研究生培养机制改革的一个重要部分，东南大学设立了研究生培养基金，培养基金实行奖助学金和"助研"岗位制，集中管理，统筹使用。硕士生奖助学金分为四个等级:一等每年1.6万元，二等每年1.2万元,三等每年8000元,四等每年4000元。同时设立了基础类、人文社科类及医学等学科硕士研究生专项基金，以资助研究生的培养。博士生培养基金分为A、B两级，每年根据生源情况动态调整，其中A级为每年2.2万元，B级为每年1.8万元。此外学校还设立了博士研究生创新研究基金和国际学术交流基金以及"三助"工作岗位。改革后，博士研究生享受奖助研金的覆盖面为100%，硕士研究生享受奖助学金的覆盖面超过90%。